Los fondos se distribuyen de forma cronológica, siguiendo la evolución de las diferentes culturas que se asentaron en el territorio que ahora conforma la provincia de Badajoz. Se exhiben vestigios correspondientes a los periodos del Paleolítico, Calcolítico, Edad del Bronce y Edad del Hierro. Existe una planta destinada a la Época Romana, los comienzos del Cristianismo, la época Visigoda, Islámica y la Baja Edad Media cristiana. En total, cerca de 20.000 piezas que hablan de la riqueza arqueológica de esta zona.