El 19 de septiembre de 1986 se inauguraba la sede actual de este museo, que venía a sustituir al antiguo Museo Arqueológico de Mérida. El edificio en el que se ubica, obra de Rafael Moneo Vallés, está conectado con el teatro y el anfiteatro romanos y cuenta con treinta salas monográficas dedicadas a la arqueología romana. Exponente clave de la romanización de Hispania, el centro muestra las piezas recuperadas del yacimiento emeritense y organiza actividades complementarias de carácter científico-divulgativo, como congresos, conferencias, encuentros, exposiciones, etc.