Los fondos se la colección permanente del Museo Militar de Burgos se reparten en cinco espacios expositivos. La muestra cuenta un gran desfile militar en miniatura y una maqueta del Castillo de Burgos. Uniformes, instrumentos científicos, material de transmisiones y de sanidad explican la evolución del Ejército y de la diversidad de la profesión militar. Imágenes, objetos artísticos y enseñas de las Unidades y Cuarteles familiares que formaron parte de la vida y la fisonomía de la ciudad.

Una sección recorre los episodios históricos más recientes en los que han participado los soldados y la labor que realiza el Ejército. Mientras que la Sala de banderas permite descubrir la evolución de la Enseña Nacional a través de Banderas y Estandartes que llevaron Unidades asentadas o vinculadas con Burgos.