Isra y Cheíto son dos hermanos que siguieron caminos muy diferentes. Mientras el primero estuvo en la cárcel por narcotráfico, el segundo se enroló en la Marina y participó en misiones en Somalia y las Seychelles. Ahora, los dos se reencontrarán en su hogar, la Isla de San Fernando, y rememorarán el suceso de la muerte violenta de su padre cuando eran niños. A pesar de los malos recuerdos, Isra intentará recuperar a su mujer y sus tres hijas y rehacer su vida en el lugar con más paro de España.

Han pasado 12 años desde La leyenda del tiempo, aclamada ópera prima del realizador Isaki Lacuesta ( La próxima piel) en la que, entre el documental y la ficción, contaba la historia real de Israel Gómez, un niño gitano que, tras la muerte de su padre, no podría volver a cantar. Ahora, recupera los personajes de aquel film para mostrar, entre la realidad y la ficción, qué fue de ellos, y los diferentes caminos que siguieron hasta el momento actual, en el que afrontan una oportunidad para reconciliarse con su pasado, redimir los errores que cometieron y recuperar el control de sus vidas. Sus vivencias personales, y otras de personas muy cercanas a ellos, conforman el núcleo dramático de Entre dos aguas, una película que habla sobre el paso del tiempo y cómo las experiencias, buenas y malas, que nos marcan a lo largo de los años definen en quiénes nos convertimos. Los protagonistas de La leyenda del tiempo, Israel Gómez "Isra" y Francisco José Gómez "Cheíto" repiten en sus roles y ponen rostro a un entorno, el del humilde barrio gaditano de La Casería, y la dura (y desconocida) realidad a la que se enfrentan sus habitantes cada día.