Natural de San Francisco, Aunjanue Ellis disfrutó de una infancia idílica, criada en granja de su abuela en Misissippi. Destacó como una excelente estudiante en secundaria, y una vez graduada cursó estudios afroamericanos en la Brown University. Fuen en la universidad donde descubrió su interés por las artes escénicas, y fue entonces cuando comenzó a formarse como actriz en la escuela de John Emigh. Cursó además un posgrado de arte dramático en la Universidad de Nueva York, y en 1996 debutó en la gran pantalla con el filme Girs Town. Se dio a conocer entre el gran público con la serie "Patrulla de asfalto", mientras hacía méritos en la pantalla grande con filmes como Hombres de honor, Ray, Una mamá en apuros o La víctima perfecta. Sin embargo es más conocida por su intervención en series como "Justice" o "El mentalista".