Hijo de un marino mercante, Jack Thompson perdió a su madre en un trágico accidente a la edad de cuatro años. Incapaz de compatibilizar la educación de sus hijos y su empleo, el padre opta por darle en adopción a una familia de Sidney. Después de estudiar en la Universidad de Queensland Thmpson se debate entre dos profesiones: por un lado su trabajo en Naciones Unidas y por otro su gran pasión desde adolescente: la interpretación. Finalmente se decanta por la segunda opción y abandona su empleo para debutar en el cine con el filme "Despertar en el infierno".

No tarda en convertirse en uno de los secundarios más cotizados del cine australiano y posteriormente del cine internacional gracias a papeles en películas como "Feliz Navidad Mr. Lawrence,", "Un lugar muy lejano", "Broken Arrow" o, sobre todo, "Medianoche en el jardín del bien y del mal". Tras aparecer en un breve papel en "Star Wars: El ataque de los clones", Thompson firma dos de sus más destacadas prestaciones en "El buen alemán" y "Australia".