Hijo del actor Freddie Jones y hermano del director Rupert Jones, Toby nació con libro de ruta bajo el brazo. La influencia de su padre fue siempre muy intensa y Toby no tardó en obstinarse en seguir sus pasos. Formado académicamente en el prestigioso Abingdon School de Oxfordshire, Toby Jones sorteó los obstáculos del camino y después de una brillante carrera teatral (ininterrumpida hasta el día de hoy, con enormes éxitos en Broadway y en el West End), debutó en el cine a las órdenes de Sally Potter con Orlando allá por 1996.

En años sucesivos hará camino como secundario de lujo en films como Los miserables, Juana de Arco o Descubriendo Nunca Jamás. Puso además voz al elfo Dobby en Harry Potter y la Cámara Secreta. Sin embargo, el gran papel de su carrera llega en 2006 en Historia de un crimen donde daba vida al escritor Truman Capote. Aclamado por crítica y público, Jones vuelve a su eterno rol de actorazo de reparto en El velo pintado, La niebla, Serena, El cuento de los cuentos, El hombre que conocía el infinito, Alicia a través del espejo, Berberian Sound Studio o Morgan. Además, Jones se ha dejado ver en otras grandes súper producciones como Los juegos del hambre y secuelas, Blancanieves y la leyenda del cazador o encarnando a Armin Zola en El capitán América: El primer vengador y Capitán América: El Soldado de invierno.