Hijo de padres con raíces anglo-irlandesas, William Mapother es sobrino del mismísimo Tom Cruise. Graduado en Filología Inglesa en la University of Notre Dame se ganó la vida como profesor de secundaria en un instituto de Los Angeles antes de optar por seguir los pasos de su ilustre tío. Debutó en la pantalla grande, al lado de Tom, como no podía ser de otro modo, en 1989 con Nacido el 4 de julio. Algunas de sus mejores películas las ha filmado a la sombra de aquel (es el caso de Magnolia, Misión imposible 2 o Minority Report). No obstante también ha hecho méritos por cuenta propia reivindicándose como secundario en películas como En la habitación, Operación Swordfish, World Trade Center u Otra Tierra. A la vez ha hecho carrera en la pequeña pantalla gracias a su intervención en "Perdidos", donde dio vida entre 2004 y 2010 a Ethan Rom.