Las obras de la Colección permanente del Museo de Málaga se han ido reuniendo a lo largo del tiempo en esta institución histórica y permiten conocer mejor la historia de la ciudad y su provincia. Con más de 15.000 piezas, entre objetos arqueológicos y obras artísticas, el museo cuenta con dos secciones de origen muy diverso.

La sección de Bellas Artes se ha formado a partir de los objetos procedentes de los depósitos realizados por la Academia de Bellas Artes de San Telmo, los realizados por los Museos del Prado y el actual Museo Nacional Centro de Arte Reina Sofía (titulares de los extintos Museos de la Trinidad y Museo Nacional de Arte Moderno) y las donaciones particulares de artistas y coleccionistas privados.

Mientras que la sección de Arqueología incluye fondos del antiguo Museo Loringiano, los descubrimientos realizados en las excavaciones de la Alcazaba de Málaga, las intervenciones del Instituto Arqueológico Alemán en la provincia y excavaciones promovidas a partir de los años 70 por arqueólogos del propio museo o de la Universidad de Málaga, entre otras.