Tres grandes secciones distribuyen las piezas de arte del museo, que aparecen dividas en salas dedicadas a bellas artes, arqueología y etnología. Fundado en el siglo XIX, la primera colección esta compuesta por objetos procedentes de los conventos que sufrieron la Desamortización de Mendizábal. Está ubicado en el Palacio de los Álvarez de Abarca, un edificio del siglo XV cuya fachada ornamental lo convierte en uno de los monumentos más representativos de la arquitectura civil de la época de los Reyes Católicos.