Situado en la Antigua Casa de La Lonja, este edificio aloja fondos documentales relacionados con la conquista y colonización de la América española, en 35.793 legajos, así como mapas, cartas ejecutorias, autógrafos y otras múltiples curiosidades. En su interior se da custodia a los fondos producidos por las instituciones creadas por la Administración española para el gobierno y administración de los territorios ultramarinos españoles. Asimismo, se conservan otros fondos de instituciones de menor entidad e incluso de particulares relacionados con las colonias españolas en América y Asia. Ahora se ha abierto de nuevo al público la sala de exposiciones que contiene, en otros, las pinturas de Goya conservadas en el Archivo.