Perteneciente a la Red de Museos Estatales, el Museo Sefardí está destinado a los testimonios de la cultura hebraíco-española. Tras dos años de trabajos de rehabilitación y restauración, el museo abrió de nuevo sus puertas en el año 2003. Objetos mesopotámicos, monedas de la ceca de Toledo, contratos matrimoniales, objetos litúrgicos o joyas judeobereberes, por un valor de más de 101.000 euros, son algunas de las nuevas piezas que el museo adquirió para su reapertura. El edificio está integrado en el Convento de Caballeros de Calatrava, edificio anexo a la Sinagoga del Tránsito. Se trata de un conjunto arquitectónico que mezcla las tres culturas que pasaron por Toledo: la cristiana, la musulmana y la judía. El Museo cuenta con una colección de 1.253 piezas ilustrativas de los orígenes del pueblo judío, así como con una excavación arqueológica en el Patio Este.