Tiene su sede en el palacio de Fabio Nelli del s. XVI. Muestra materiales de la Edad de Hierro, o los ajuares tardorromanos de Simancas, San Miguel del Arroyo y otros. En Bellas Artes predomina la pintura de los ss. XV y XVI, en la que sobresalen la Adoración de los pastores, de Vicente Masip, y la pintura del maestro del Obispo Sancho de Rojas que representa a la Virgen con el Niño y dos donantes presentados por Santa Catalina. Mobiliario del s. XVII, tapices flamencos, colecciones de cerámica, etc. Sarcófago del infante Don Alfonso de Castilla, con sus ropajes y tejidos.