El Museo se divide en varias secciones. La de Arqueología nos ofrece un recorrido a través de la historia de Aragón, desde la Prehistoria hasta la época Musulmana. El área de Bellas Artes es una de las secciones más destacadas por las pinturas que se conservan de Goya. Etnología y las muestras de Cerámica completan un recorrido por los orígenes de la Comunidad.